В руби есть рельсы, в питоне джанга, и там хотя бы структура приложения получается нормальная.
А я сейчас переписываю проект в котором юзается самописная cms от василия говножопа, где понятно примерно нихуя, минифицированный js лежит в пхп-файлах, никто не подозревает про существование foreignkey, захардкожено вообще все что только можно, и вместо post-запросов с параметрами приходит ключ в виде json и с пустым значением (это уже со стороны приложения, которое на андроид, но я уверен что его тоже ебаные пхпшники писали)
partizan, ну это зависит от автора. Можно писать вот так, а можно юзать какой-нибудь фреймворк.