Как оказалось, невозможность сменить положение кнопочек в gnome-flashback/metacity это не баг, а фича.
https://bugzilla.gnome.org/...bug.cgi?id=757044#c1

Наверное, потому что дефолтное расположение кнопок для gnome-3 их чем-то не устраивало, и они принудительно выставляют дефолтное свое.

Зато, можно установить в dconf флаг org.gnome.gnome-flashback.workarounds fix-button-layout в нужную строку и все будет заебись, или в пустоту - и будет юзаться глобальный параметр из gsettings